电子发票系统架构包括企业税控开票系统、第三方平台、税收征管系统三层。自税总局于 2015 年 7 月推出增值税发票系统升级版，并确定与电子发票对接的技术方案后，纳税人端的税控开票系统、第三方的电子发票服务平台及税务端的税收征管系统三者之间的连接已经打通。增值税发票系统升级版首先在北上深浙进行试点，之后于 12 月在全国进行推广。
参考观研天下发布《中国发票印刷市场需求分析与产业前景预测报告》
目前电子发票系统基本实现国家税务总局与各地国税局系统的对接及企业电子发票系统与税务局系统的对接，未来将在消费者与企业 ERP 系统之间建立连接。当前电子发票的开具存在两种模式：模式一，企业通过安装国税局电子发票系统纳税人客户端，在连接金税盘/税控盘的情况下通过互联网开具电子发票，并将发票信息上传至第三方平台供受票方查询；模式二，企业可以通过自建或依托电子发票第三方平台来开具电子发票。在通过平台开具电子发票的模式下，一般自身规模大、电子发票开票量较大的企业倾向于自建平台，而中小企业基于平台初期建造成本和后续维护成本高昂的考虑，大多会选择依托第三方平台来管理电子发票相关业务。
电子发票第三方平台面向企业级和消费者提供电子发票相关服务，存在市场化竞争，政府相关部门在严格监管下引入市场力量。考虑对接口安全性和系统稳定性的要求，预计第三方平台的建设将以省或市为单位，每个区域最多一到两家，平台服务商须先获得税务局批准，然后凭借市场化服务获得企业认可。由于企业确定电子发票平台后需要和内部管理系统进行对接，并进行人员培训，一旦确定合作伙伴短期内更换的可能性很小。因此率先取得电子发票平台准入资格的厂商将具备明显的有先发优势。同时，在全国各地税务局系统已打通的情况下，平台与某个省市电子发票系统对接并提供电子发票相关管理服务的经验在全国其他城市复制，有助于平台在全国范围内的的推广普及。如东港股份旗下瑞宏网是获得北京市国税局直接授权的合作平台，目前其合作的城市已由北京扩展到上海、青岛、厦门、广西等地。
此外，具备税控盘或金税盘的厂商也具有一定的先发优势，如航天信息的 51 发票网，百旺(旋极信息子公司)百旺 E 发票电子平台。目前国内电子发票第三方平台主要以东港股份旗下的瑞宏网、航天信息旗下的 51 发票网、税友、浙科、中润四方为代表，各自占据区域性市场。未来行业经过充分竞争后，可望形成“少数全国平台+一定数量地方性平台”的市场格局。
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